Theo thống kê của Bộ Công Thương, tại Việt Nam hiện nay tổng cộng có 803 dự án thủy điện, với tổng công suất lắp máy (Nlm) là 24.564 MW. Trong đó, có 306 dự án, công trình thủy điện đang được vận hành, với tổng công suất lắp máy Nlm = 15.474 MW; 193 dự án đang thi công xây dựng, tổng công suất lắp máy Nlm = 3.000 MW; 245 dự án đang nghiên cứu đầu tư và 59 dự án đang được cơ quan chức năng rà soát. Trong hệ thống thủy điện phát triển theo quy hoạch, có 110 dự án công trình thủy điện bậc thang trên các hệ thống sông, 603 dự án thủy điện nhỏ.
Thông qua công tác kiểm tra, giám sát, quản lý, Bộ Công Thương cho biết, quá trình thực hiện đầu tư xây dựng, có những dự án đã điều chỉnh quy mô, thay đổi thiết kế bản vẽ kỹ thuật thi công so với hồ sơ thiết kế. Tuy nhiên, việc này đã được cấp có thẩm quyền tham gia ý kiến, chủ đầu đã thực hiện đúng theo quy định của pháp luật, việc quản lý chất lượng công trình cũng đã ngày càng được cải thiện. Các chủ đầu tư cũng đã thường xuyên báo cáo cơ quan chức năng về quá trình thi công xây dựng; các đơn vị tư vấn đã quan tâm nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ chuyên môn, kỹ thuật; các nhà thầu thi công đã chú trọng bố trí nhân lực và thiết bị có chất lượng cao, hiện đại, phù hợp với đặc thù công việc.
Mặc dù công tác quản lý, kiểm soát, giám sát xây dựng, khai thác, vận hành các trình thủy điện luôn được các cơ quan chức năng từ trung ương đến địa phương quan tâm, thực hiện chặt chẽ, song thực tế vẫn khó có thể kiểm soát một cách triệt để các sự cố, thiếu sót, vi phạm liên quan đến các công trình thủy điện.
Sự cố lũ cuốn trôi cửa van số 2 của hầm dẫn dòng thi công công trình thủy điện Sông Bung 2 tại tỉnh Quảng Nam xảy ra ào ngày 13/9/2016 gây thiệt hại về người, tài sản, ảnh hưởng lớn đến tiến độ phát điện của công trình. Đây là một bài học kinh nghiệm đắt giá trong quản lý chất lượng xây dựng công trình thủy điện, không chỉ đối với các chủ đầu tư, mà cả đối với các cơ quan quản lý nhà nước, đặc biệt là cơ quan quản lý nhà nước tại các địa phương có dự án thủy điện. Bộ Công Thương đã tích cực giám định nguyên nhân sự cố theo các quy định của pháp luật để báo cáo kết quả lên Thủ tướng Chính phủ. Đồng thời, đã chỉ đạo Tập đoàn điện lực Việt Nam (EVN) thực hiện tốt hơn các biện pháp đảm bảo an toàn cho công trình, chuẩn bị sẵn sàng các phương án để thi công trở lại sau khi được cấp có thẩm quyền cho phép.
Ngoài ra, kiểm tra về công tác quản lý an toàn đập, xả lũ tại một số nhà máy thủy điện, Bộ Công Thương cho biết, có hiện tượng nhà máy chưa thông báo đầy đủ cho các cơ quan chức năng về quy trình vận hành hồ chứa, thực hiện vận hành không đúng mực nước quy định tại quy trình. Những trường hợp vi phạm này đã bị xử lý hành chính, Bộ Công Thương khẳng định, nếu tái phạm sẽ xem xét việc thu hồi giấy phép hoạt động điện lực.
Để đảm bảo phát triển các dự án thủy điện hiệu quả, an toàn, trong mấy năm vừa qua, Bộ Công Thương đã tổng rà soát và loại khỏi quy hoạch 471 dự án trên phạm vi toàn quốc, trong đó có 8 dự án thủy điện bậc thang (tổng công suất lắp máy Nlm=655 MW) và 463 dự án thủy điện nhỏ (Nlm=1.404,68 MW), vì nhận thấy các dự án này khi thực hiện sẽ tác động tiêu cực tới môi trường - xã hội, hiệu quả thấp. Đồng thời, không xem xét quy hoạch 213 vị trí được đánh giá có tiềm năng thủy điện.
Từ đầu năm 2017 đến nay, Bộ Công Thương đã phối hợp với các tỉnh xem xét loại khỏi quy hoạch 04 dự án thủy điện nhỏ tại Quảng Nam và Gia Lai, không xem xét bổ sung quy hoạch 11 dự án theo đề nghị của các tỉnh Đồng Nai, Hòa Bình, Lai Châu do không khả thi về kinh tế - kỹ thuật, ảnh hưởng đến rừng phòng hộ và môi trường - xã hội. Đồng thời, đề nghị tỉnh Lâm Đồng chỉ đạo tạm dừng thi công dự án thủy điện Đại Bình, tổ chức kiểm tra, rà soát tổng thể quá trình thực hiện các thủ tục đầu tư, xây dựng, yêu cầu các cơ quan liên quan hướng dẫn chủ đầu tư hoàn thiện, khắc phục tồn tại, vướng mắc với 2 dự án thủy điện là Đại Nga và dự án Đại Bình thực hiện tại tỉnh Lâm Đồng.