Lễ hội Cầu Ngư bắt nguồn từ tục thờ Ông Nam Hải – là tập tục lâu đời của cư dân vùng biển từ Quảng Bình trở vào, trong đó đậm đặc nhất là vùng Nam Trung bộ. Ông Nam Hải, thực ra là loài cá Voi – loài cá có thân hình to lớn, nhưng bản tính lại hiền hoà, thường cứu giúp những ngư dân mỗi khi gặp nạn trên biển được ngư dân các tỉnh phía Nam gọi cá ‘Đức Ông’,‘Cá Ông’ hay ‘Ông Nam Hải’. Khi Cá Ông chết, trôi dạt vào bờ thuộc địa phận của làng biển nào, thì làng biển ấy phải tổ chức lễ tang long trọng và lập Lăng thờ phụng và cúng tế rất nghiêm cẩn.
Trong dân gian, người Việt cũng như người Chăm và người Hoa đều cho rằng cá voi không phải là loài cá bình thường mà là một loài cá thần. Biểu hiện ở đây không phải là sức vóc to lớn và sức chịu đựng khác thường, mà là loài cá có suy nghĩ, có tình cảm và đặc biệt là sự cảm nhận và tâm linh như con người. Không phải chỉ ngày xưa mà ngay cả tới bây giờ nhiều người vẫn nghĩ thế. Do đó, việc tôn thờ và thờ phụng rất tôn nghiêm.
Trong sự chuyển hóa cá voi từ một loài vật nơi biển cả thành một vị Thần của cư dân sống bằng nghề biển, có vai trò của vương triều nhà Nguyễn. Nhiều đời vua nhà Nguyễn đã ban sắc phong tặng cá voi là “Nam Hải cự tộc Ngọc Lân tôn Thần”. Liên tiếp trong nhiều thế kỷ, các triều đại vua khác nhau đã ban sắc phong cho thần Nam Hải, chính thức công nhận tục thờ cúng Cá Ông tại các làng quê dọc ven biển miền Trung. Lăng Ông luôn được làng chài thờ cúng quanh năm và đặc biệt vào mùa xuân hay mùa thu hằng năm, lễ hội cúng Cá Ông theo nghi lễ truyền thống, rất trang trọng.
Thờ Cá Ông ở đây không chỉ được xem là sự tôn kính thần linh mà còn gắn liền với sự hưng thịnh của cả làng. Hàng năm, thường là sau khi ăn Tết xong, ngư dân tổ chức lễ tế Cá Ông lồng ghép dưới hình thức Lễ hội Cầu Ngư và lễ ra quân đánh bắt vụ cá nam.
Lễ hội được diễn ra trong hai ngày, ngày đầu thiết lễ tiên thường, ngày sau là lễ tế chính thức. Trong ngày lễ, bàn thờ được trang hoàng hết sức rực rỡ, trang nghiêm. Các nhà đều đặt bàn hương án bày đồ lễ cúng. Trên mỗi tàu thuyền đều chăng đèn kết hoa. Làng chọn ra một ban nghi lễ gồm các cụ cao niên, hiền đức, có uy tín với bạn chài và không bị mắc tang chế. Vị chánh bái dâng đồ tế lễ (không được dùng hải sản) và đọc văn tế nói lên lòng biết ơn của dân làng đối với công đức Cá Ông và cầu mong mùa đánh bắt bội thu, thuyền bè đi khơi về lộng an toàn.
Rạng sáng ngày hôm sau, dân làng đánh trống làm lễ rước trên biển. Có nơi còn tổ chức lễ rước Ông từ làng này qua làng khác để bày tỏ sự đoàn kết giữa các làng vạn chài. Tất cả tàu thuyền ra khơi đến một vị trí đã định trước và vị chánh tế tổ chức “xin keo”. Đó là lễ Cá Ông chứng giám lòng thành của ngư dân ngoài biển. Vào nửa đêm hôm đó, dân làng làm lễ chánh tế bao gồm lễ khai mõ, đội học trò dâng hương.
Về phần hội, tuỳ điều kiện, mỗi địa phương có một hình thức tổ chức riêng, nhưng cũng đều là các trò chơi dân gian vùng biển: lắc thúng, đua thuyền, bơi lội, kéo co, đá bóng... Về văn nghệ, ngoài hát tuồng, hát hò khoan, còn có một hình thức múa hát đặc trưng của Lễ hội Cầu Ngư là múa hát bả trạo (bả: nắm, trạo: chèo đò) diễn tả tinh thần đoàn kết giữa các thành viên trong một con thuyền, vượt qua sóng to gió cả, mang về một mùa bội thu cho ngư dân. Hát múa bả trạo, vừa là nghi thức tế lễ vừa là hoạt động nghệ thuật. Bả trạo là hoạt cảnh múa hát, thể hiện sinh hoạt, lao động của ngư dân như chèo thuyền, kéo lưới hoặc đặc tả cảnh đưa linh, rước hồn “Đức Ông”.
Tại Khánh Hòa, Đà Nẵng, Quảng Bình Lễ hội Cầu Ngư được đưa vào danh mục di sản văn hóa phi vật thể quốc gia. Hiện nay ở Khánh Hòa có 50 nơi thờ Ông Nam Hải ở các địa phương: Huyện Vạn Ninh, thị xã Ninh Hòa, thành phố Nha Trang, thành phố Cam Ranh, huyện Cam Lâm. Lễ hội Cầu ngư thường được ngư dân các làng biển tổ chức vào dịp tháng Giêng nhằm tưởng nhớ ơn đức của cá Ông, cá Bà, mong cho trời yên biển lặng, mưa thuận gió hòa, tôm dày cá được, làng xã ấm no, yên vui, hạnh phúc.