Theo Nghị định của Chính phủ, Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ quốc gia hoạt động vì mục tiêu góp phần thúc đẩy phát triển hoạt động khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo trở thành động lực trung tâm của mô hình tăng trưởng mới, giải quyết hiệu quả bài toán phát triển kinh tế - xã hội ở quy mô quốc gia, có tính liên ngành, liên vùng thông qua tài trợ, đặt hàng các nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo.
Đồng thời nâng cao năng lực khoa học và công nghệ quốc gia; hình thành trí thức nền; góp phần làm chủ được một số công nghệ lõi, công nghệ cao, công nghệ chiến lược; phát triển đội ngũ nhà khoa học tài năng, nhà khoa học trẻ, nhóm nghiên cứu mạnh; hình thành được một số trung tâm nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ có uy tín trong khu vực và quốc tế. Định hình mô hình quỹ tài trợ nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ bảo đảm tính độc lập, minh bạch, cạnh tranh theo chuẩn mực quốc tế.
Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ quốc gia có chức năng tài trợ, đặt hàng thực hiện chương trình, nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo để nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ. Hỗ trợ hoạt động nâng cao năng lực khoa học và công nghệ quốc gia theo quy định của pháp luật.
Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ quốc gia sẽ hỗ trợ phát triển đội ngũ nhà khoa học tài năng, nhà khoa học trẻ, nhóm nghiên cứu mạnh
Nhiệm vụ của Quỹ là tiếp nhận và quản lý các nguồn lực tài chính: tiếp nhận, quản lý và sử dụng nguồn kinh phí từ ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật; tiếp nhận, quản lý, sử dụng các nguồn tài chính ngoài ngân sách nhà nước theo thỏa thuận với bên đóng góp (nếu có), quy định về tài trợ, đặt hàng, hỗ trợ và theo quy chế chi tiêu nội bộ của Quỹ.
Quỹ thực hiện các nhiệm vụ phù hợp với mục tiêu hoạt động, chức năng của Quỹ, hỗ trợ quản lý nhà nước trong hoạt động khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo; thực hiện chế độ báo cáo, chế độ kế toán theo quy định của pháp luật; chấp hành việc thanh tra, kiểm tra, kiểm toán của các cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền theo quy định của pháp luật; quản lý tổ chức bộ máy, nhân lực, tài chính, tài sản của Quỹ theo quy định của pháp luật.
Bên cạnh đó, Quỹ có nhiệm vụ giải quyết khiếu nại, tố cáo, kiến nghị liên quan đến hoạt động của Quỹ theo quy định của pháp luật; chuyển đổi số toàn diện công tác điều hành, quản lý hoạt động khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo do Quỹ tài trợ, đặt hàng, hỗ trợ, bảo đảm minh bạch và kịp thời; quản lý, vận hành và khai thác các nền tảng số hỗ trợ hoạt động khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo.
Nghị định quy định quyền hạn của Quỹ là cơ quan quản lý nhiệm vụ để tổ chức triển khai các hoạt động tài trợ, đặt hàng, hỗ trợ phù hợp với mục tiêu hoạt động, chức năng của Quỹ, kế hoạch ngân sách được phê duyệt theo quy định pháp luật về việc quản lý các chương trình, nhiệm vụ, hỗ trợ hoạt động nâng cao năng lực khoa học và công nghệ quốc gia.
Kiểm tra, giám sát, đánh giá hiệu quả, tác động việc thực hiện và sử dụng kinh phí của nhiệm vụ khoa học và công nghệ và hoạt động nâng cao năng lực khoa học và công nghệ quốc gia; đình chỉ hoặc trình cơ quan có thẩm quyền đình chỉ việc tài trợ, đặt hàng, hỗ trợ, cấp kinh phí hoặc thu hồi kinh phí đã tài trợ, đặt hàng, hỗ trợ, cấp phát khi phát hiện tổ chức, cá nhân vi phạm các quy định của Quỹ và các quy định pháp luật có liên quan.
Nghiên cứu, tham mưu, xây dựng, trình cấp có thẩm quyền ban hành văn bản quy phạm pháp luật, chiến lược, kế hoạch, định hướng ưu tiên và các văn bản khác phục vụ quản lý, triển khai hoạt động tài trợ, đặt hàng, hỗ trợ của Quỹ; ban hành quy chế hoạt động và các văn bản khác phục vụ cho hoạt động của Quỹ thuộc thẩm quyền theo quy định.
Ứng dụng công nghệ số, trí tuệ nhân tạo trong quản lý, điều hành và tổ chức thực hiện hoạt động khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo do Quỹ tài trợ, đặt hàng, hỗ trợ; tham gia, thực hiện cơ chế liên kết đồng tài trợ với các quỹ, doanh nghiệp hoặc tổ chức khác trong việc triển khai các nhiệm vụ khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo theo quy định của pháp luật; cùng với các quỹ phát triển khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo khác hình thành hệ sinh thái tài trợ, đặt hàng, hỗ trợ hoạt động khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo thông suốt từ trung ương đến địa phương; hợp tác với tổ chức, cá nhân trong nước và ngoài nước, tổ chức quốc tế liên quan đến các hoạt động của Quỹ.