Chương trình nhằm cung cấp thông tin dữ liệu, cơ sở khoa học phục vụ công tác quản lý, sử dụng nguồn lợi thủy sản bền vững.
Cụ thể, chương trình xác định cơ sở khoa học về nguồn lợi thủy sản, nghề cá biển và môi trường sống của loài thủy sản ở biển để đề xuất giải pháp quy hoạch, quản lý, bảo vệ, khai thác, phát triển bền vững nguồn lợi thủy sản và nghề cá biển Việt Nam.
Đánh giá được tổng thể hiện trạng, biến động nguồn lợi và môi trường sống của loài thủy sản ở các vùng nước nội địa Việt Nam và đề xuất được giải pháp bảo vệ, khai thác và phát triển nghề cá nội địa hiệu quả, bền vững.
Cung cấp được thông tin, dữ liệu về đa dạng sinh học, nguồn lợi thủy sản trong các hệ sinh thái biển, ven biển, ven đảo điển hình (san hô, rừng ngập mặn, rừng phòng hộ, cỏ biển, rong biển, bãi bồi, cửa sông, đất ngập nước…) phục vụ việc thành lập, mở rộng và quản lý hiệu quả hệ thống khu bảo tồn biển, khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản, khu vực cấm khai thác thủy sản có thời hạn, khu cư trú nhân tạo của loài thủy sản và đề xuất các biện pháp, kế hoạch quản lý phù hợp.
Điều tra, đánh giá tổng thể nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của loài thủy sản cho mục tiêu quản lý, sử dụng nguồn lợi thủy sản bền vững
Thông tin dự báo ngư trường khai thác thủy sản ở biển thường xuyên được cập nhật nhằm nâng cao chất lượng dự báo ngư trường và hiệu quả hoạt động của các đội tàu khai thác nguồn lợi thủy sản xa bờ Việt Nam.
Đồng thời, cung cấp cơ sở khoa học và thực tiễn để quy định danh mục nghề, ngư cụ cấm sử dụng khai thác thủy sản; danh mục các loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm; đường di cư tự nhiên của loài thủy sản; kích thước loài thủy sản được phép khai thác trong các thủy vực tự nhiên; xác định hạn ngạch khai thác thủy sản, sản lượng thủy sản cho phép khai thác theo loài, nhóm loài ở từng vùng biển phù hợp với trữ lượng nguồn lợi.
Một số dự án được chương trình điều tra, đánh giá tổng thể nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của loài thủy sản trên phạm vi cả nước định kỳ 5 năm đến năm 2030 ưu tiên triển khai là: dự án Điều tra đánh giá nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của loài thủy sản ở biển Việt Nam; dự án Điều tra nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của loài thủy sản trong các hệ sinh thái biển điển hình ở vùng ven bờ, ven đảo, trong rừng đặc dụng, rừng phòng hộ, khu bảo tồn đất ngập nước; dự án Điều tra nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của các loài thủy sản ở vùng nội địa Việt Nam; dự án Điều tra, xác định tập tính di cư tự nhiên của các loài thủy sản ở biển, ven biển và các thủy vực nội địa Việt Nam.
Quyết định nêu rõ một số nhiệm vụ cần thực hiện bao gồm: xây dựng, hoàn thện cơ sở khoa học, phương pháp, bộ chỉ số đánh giá và các điểm tham chiếu đồng bộ, thống nhất để thực hiện điều tra, làm cơ sở khoa học để phục vụ, quản lý, sử dụng bền vững nguồn lợi thủy sản. Cập nhật, hoàn thiện quy trình, định mức kinh tế kỹ thuật điều tra nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của loài thủy sản đảm bảo với thực tiễn tại Việt Nam.
Điều tra, đánh giá tổng thể nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của loài thủy sản ở các vùng ven bờ, vùng lộng, vùng khơi và vùng nước nội địa theo định kỳ 5 năm, kết hợp điều tra nghề cá thương phẩm hàng năm do UBND cấp tỉnh thực hiện, làm cơ sở đề xuất và tổ chức thực hiện các giải pháp, kế hoạch quản lý nghề cá phù hợp với định hướng phát triển kinh tế biển, ven biển, phát triển nghề cá bền vững.
Điều tra, đánh giá nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của loài thủy sản trong các hệ sinh thái biển điển hình ở vùng ven bờ, ven đảo, trong rừng đặc dụng, rừng phòng hộ, đất ngập nước làm cơ sở đề xuất mở rộng, thành lập mới các khu bảo tồn biển, khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản, bảo vệ, phục hồi các hệ sinh thái biển, ven biển, ven đảo và đề xuất chế độ, kế hoạch quản lý nguồn lợi thủy sản phù hợp trong rừng đặc dụng, rừng phòng hộ, khu bảo tồn đất ngập nước…