Theo Nghị định, tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên nước thuộc trường hợp phải cấp phép khai thác nước mặt, nước dưới đất phải nộp tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước trong các trường hợp sau đây: khai thác nước mặt để phát điện có mục đích thương mại; khai thác nước mặt, nước dưới đất để phục vụ hoạt động sản xuất (bao gồm cả nước làm mát máy, thiết bị, tạo hơi, gia nhiệt), kinh doanh, dịch vụ, cấp cho nông nghiệp, nuôi trồng thủy sản, cấp cho sinh hoạt.
Nghị định cũng quy định một số trường hợp không phải nộp, miễn, giảm tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước gồm: tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên nước không phải nộp tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước thuộc trường hợp quy định tại khoản 2 Điều 69 và khoản 3 Điều 86 của Luật Tài nguyên nước. Tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên nước được miễn tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước thuộc trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 69 của Luật Tài nguyên nước. Riêng dự án thuộc trường hợp quy định tại điểm b khoản 3 Điều 69 của Luật Tài nguyên nước thì chủ dự án phải nộp văn bản bảo lãnh để chứng minh căn cứ miễn tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước theo quy định kèm theo hồ sơ đề nghị cấp giấy phép khai thác tài nguyên nước. Tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên nước được giảm tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước thuộc trường hợp quy định tại khoản 4 Điều 69 của Luật Tài nguyên nước.
Thu phí khai thác, sử dụng nguồn nước
Chính phủ yêu cầu Bộ Tài nguyên và Môi trường, UBND cấp tỉnh phê duyệt, điều chỉnh tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước đối với trường hợp thuộc thẩm quyền cấp giấy phép khai thác tài nguyên nước.
Kinh phí chi cho hoạt động thẩm định hồ sơ tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước được lấy từ nguồn thu phí khai thác, sử dụng nguồn nước. Tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước được thông báo, nộp sau khi công trình đi vào vận hành và có quyết định phê duyệt tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Đối với công trình đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước tính đến thời điểm Nghị định này có hiệu lực nhưng vẫn chưa đi vào vận hành thì cơ quan thẩm định có văn bản gửi Cục thuế địa phương về việc chỉ ban hành thông báo nộp tiền khi nhận được quyết định điều chỉnh tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước đối với công trình nêu trên.
Sau khi nhận được quyết định phê duyệt, điều chỉnh, truy thu tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước, Cục thuế địa phương nơi có công trình khai thác tài nguyên nước ban hành thông báo nộp tiền cấp quyền gửi tổ chức, cá nhân nộp tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước.
Lưu ý, tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước được nộp hàng năm theo số tiền được ghi trong quyết định phê duyệt tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước. Việc nộp tiền một lần cho cả thời gian phê duyệt tiền cấp quyền do cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt dựa trên cơ sở đề xuất của chủ giấy phép và được quy định trong quyết định phê duyệt tiền cấp quyền.
Theo Nghị định, tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước được thu, nộp về địa phương nơi có công trình khai thác nước. Đối với công trình khai thác nước là hồ chứa mà phạm vi công trình nằm trên địa bàn từ 2 tỉnh trở lên, tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước sẽ được phân chia cho từng tỉnh trên cơ sở tỷ lệ (%) số tiền nộp thuế tài nguyên đối với nước thiên nhiên.
Việc quản lý, sử dụng tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước thực hiện theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước; việc bố trí ngân sách nhà nước hàng năm được xem xét ưu tiên sử dụng để bảo đảm cho hoạt động bảo vệ tài nguyên nước, cắm mốc giới hành lang bảo vệ nguồn nước, giám sát hoạt động khai thác nước và các hoạt động phục hồi nguồn nước bị suy thoái, cạn kiệt, ô nhiễm; phòng, chống và khắc phục tác hại do nước gây ra dựa trên tổng số tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước đã thu; xây dựng, quản lý hệ thống công cụ hỗ trợ ra quyết định điều hòa, phân phối tài nguyên nước, vận hành liên hồ chứa.