Trong phương án tờ trình, Chính phủ cho biết, đối với tuyến cao tốc Bắc - Nam cần đầu tư toàn bộ 12 dự án thành phần có tổng chiều dài tuyến khoảng 729 km với số tiền 154.527 tỷ đồng. Trong đó, vốn nhà nước khoảng 73.495 tỷ đồng, vốn huy động ngoài ngân sách khoảng 81.032 tỷ đồng.
Tuy nhiên, Chính phủ cũng nêu rõ do nguồn lực nhà nước khó khăn, nếu đầu tư ngay 12 dự án sẽ ảnh hưởng đến kế hoạch triển khai đầu tư các dự án đường bộ cao tốc quan trọng quốc gia như vành đai 4 vùng Thủ đô Hà Nội, vành đai 3 TPHCM, Châu Đốc - Cần Thơ - Sóc Trăng…
Do vậy, Chính phủ đề xuất giai đoạn 2 đầu tư hoàn thành 9/12 dự án thành phần với chiều dài 552 km gồm: Hậu Giang – Cà Mau, Cần Thơ – Hậu Giang, Vân Phong – Nha Trang, Chí Thạnh – Vân Phong, Quy Nhơn – Chí Thạnh, Hoài Nhơn – Quy Nhơn, Quảng Ngãi – Hoài Nhơn, Vạn Ninh – Cam Lộ. 9 dự án thành phần đều đầu tư theo phương thức PPP, loại hợp đồng BOT. Tổng mức đầu tư dự án khoảng 124.619 tỷ đồng. Trong đó vốn nhà nước 61.628 tỷ đồng và 62.991 tỷ đồng vốn tư nhân.
Với 3 dự án thành phần: Vũng Áng - Bùng, Bùng - Vạn Ninh và Vạn Ninh - Cam Lộ, giai đoạn 2021 - 2025 triển khai trước công tác giải phóng mặt bằng, tái định cư và chuyển tiếp đầu tư trong giai đoạn 2026 - 2030.
Dự kiến đến 2030 sẽ hoàn thiện tuyến cao tốc Bắc - Nam phía Đông
Nguồn vốn tham gia của nhà nước bố trí theo tiến độ thực hiện, tiến độ giải ngân dự án. Vốn chủ sở hữu và vốn huy động của nhà đầu tư theo quy định của Luật PPP. Phần vốn tham gia của nhà nước không tính trong phương án tài chính để xác định thời gian thu hồi vốn của dự án. Về vốn chủ sở hữu được xác định để tính toán trong phương án tài chính là 15% tổng vốn nhà đầu tư huy động, vốn vay 85% tổng vốn nhà đầu tư huy động.
Trước đó, trong góp ý cho dự án, đại diện Ngân hàng Nhà nước cho rằng vốn chủ sở hữu của nhà đầu tư khoảng 15% tổng vốn nhà đầu tư huy động là rất thấp. Điều này đồng nghĩa với việc nguồn vốn của dự án phụ thuộc lớn vào tiền ngân sách và vốn vay nên khó thu hút nguồn vốn tín dụng.
Thực tế, 3 dự án đầu tư theo hình thức PPP của tuyến cao tốc Bắc - Nam giai đoạn 1 có tỷ lệ vốn chủ sở hữu tối thiểu 20% nhưng vẫn khó thu hút nguồn vốn tín dụng. Do vậy, để tăng tính khả thi, hiệu quả của dự án cần xem xét tăng tỉ lệ nguồn vốn chủ sở hữu của nhà đầu tư.
Về vấn đề này, Bộ Giao thông cho rằng, dự án này áp dụng cơ chế mới của Luật PPP như chia sẻ phần giảm doanh thu, không chỉ huy động vốn từ ngân hàng mà các nguồn tín dụng hợp pháp khác như phát hành trái phiếu doanh nghiệp, chứng khoán… nên vẫn thu hút được vốn.