Hà Nội hiện có hai chợ đầu mối nông sản hoạt động khá hiệu quả. Đó là chợ đầu mối phía Nam (phường Hoàng Văn Thụ, quận Hoàng Mai), chuyên tiếp nhận khoảng 200 - 400 tấn hàng hóa luân chuyển qua chợ mỗi ngày, chủ yếu từ các huyện Phú Xuyên, Thường Tín (Hà Nội), các tỉnh Hưng Yên, Hà Nam và các tỉnh phía Nam. Chợ đã phân chia các khu bán hàng như: khu thực phẩm tươi sống; rau củ quả, đồ khô... và khu vực tập kết xe phục vụ sang chuyển hàng hóa.
Một chợ đầu mối lớn nữa ở Hà Nội là chợ đầu mối Minh Khai (phường Minh Khai, quận Bắc Từ Liêm) hiện thu hút gần 1.000 hộ kinh doanh. Mỗi ngày có khoảng 250 tấn nông sản, thực phẩm được vận chuyển đến đây từ một số huyện như: Hoài Đức, Phúc Thọ, Đan Phượng, Thạch Thất, Ba Vì, Mê Linh, Đông Anh, Sóc Sơn và tỉnh Vĩnh Phúc.
Chợ đầu mối hiện đa dạng mặt hàng nhưng không kiểm soát được chất lượng, nguồn gốc sản phẩm
Theo quyền Giám đốc Sở Công Thương Hà Nội Trần Thị Phương Lan, ngoài chợ đầu mối phía Nam và Minh Khai, hiện thành phố còn một số chợ hoạt động mang tính chất đầu mối chuyên kinh doanh các mặt hàng nông sản như: Long Biên, Bắc Thăng Long, Phùng Khoang, Văn Quán, Hà Vỹ... Tuy nhiên, hoạt động của hệ thống chợ này còn nhiều bất cập, chưa đáp ứng được yêu cầu phát triển.
Cụ thể như: quy mô nhỏ, chưa đảm nhận được chức năng tập trung mối hàng cung cấp cho thị trường Hà Nội; chưa có khả năng điều tiết giá cả thị trường; chợ nằm ở khu vực trung tâm thành phố, không còn quỹ đất mở rộng nên thường xuyên bị quá tải; phần lớn hàng hóa chưa thể truy xuất nguồn gốc… Đáng nói, các chợ đầu mối này mới chỉ chủ yếu phân phối hàng hóa cho thị trường Hà Nội và một số tỉnh lân cận, chưa đảm nhiệm được chức năng xuất khẩu nông sản ra nước ngoài...
Ông Nguyễn Văn Chí, Phó Chánh Văn phòng thường trực Văn phòng Điều phối Chương trình xây dựng nông thôn mới Hà Nội nhận định: Phát triển chợ đầu mối sẽ giải quyết được nhiều vấn đề bất cập của nông thôn Hà Nội như bảo vệ môi trường, chuyển dịch cơ cấu lao động, liên kết chuỗi từ sản xuất đến tiêu thụ, kiểm soát vệ sinh an toàn thực phẩm...
Theo Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Hà Nội Chu Phú Mỹ, cần xây dựng chợ đầu mối nông lâm sản tiểu vùng hoặc chuyên ngành theo hướng hiện đại, có các quầy bán hàng, hệ thống kho lạnh bảo quản nông sản; có thể truy xuất nguồn gốc hàng hóa và kiểm soát vệ sinh an toàn thực phẩm.
Về vấn đề này, Trưởng phòng kinh tế các huyện kiến nghị thành phố Hà Nội chỉ đạo các Sở, ngành chức năng đơn giản hóa các trình tự thủ tục hành chính, tăng cường kêu gọi nhà đầu tư xây dựng chợ đầu mối nông sản và hỗ trợ họ về thủ tục. Các cấp, ngành chức năng cần có cơ chế linh hoạt hơn, hỗ trợ nhà đầu tư giải phóng mặt bằng, tạo quỹ đất để nghiên cứu, lập dự án; ưu đãi đầu tư như miễn thuế nhập khẩu đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện để thực hiện; miễn, giảm tiền thuê đất...
Giải quyết được những vấn đề đang đặt ra mới có thể sớm hình thành mạng lưới chợ đầu mối nông sản hiện đại trên địa bàn Thủ đô, bảo đảm nguồn cung hàng hóa cho thị trường, từ đó thúc đẩy phát triển nông nghiệp, góp phần nâng cao thu nhập cho nông dân, tạo tiền đề xây dựng nông thôn mới.