Cụ thể, về công tác quản lý thu tiền thuê đất, tiền sử dụng đất, Kiểm toán Nhà nước cho biết có trường hợp chưa điều chỉnh đơn giá thuê đất khi hết thời kỳ ổn định đơn giá thuê như tỉnh Bình Phước (252 đơn vị với tổng diện tích 206.938.854 m2); Đắk Nông (43 tổ chức thuê đất với diện tích đất 70.992.667 m2); thành phố Hải Phòng (131 đơn vị với tổng diện tích 2.641.411 m2)…
Một số trường hợp cho thuê đất nhưng lại chưa có hồ sơ liên quan nên cơ quan thuế tạm thu theo giá đất từ nhiều năm trước như tỉnh Vĩnh Phúc với 7 lô đất với diện tích là 136.960 m2 tạm thu theo giá đất từ năm 2006.
Trường hợp bị cơ quan kiểm toán chỉ ra rằng đã chậm tính và thu tiền thuê đất đối với các trường hợp đã được UBND tỉnh phê duyệt giá đất như ở tỉnh Hưng Yên với 2 đơn vị.
Theo Kiểm toán Nhà nước, nhiều địa phương còn tồn tại nhiều bất cấp về công tác quản lý đất đai
Về công tác quản lý Nhà nước về đất đai, tài nguyên khoáng sản, Kiểm toán Nhà nước cho biết có 97 dự án đã được giao đất chậm tiến độ sử dụng nhưng đến thời điểm kiểm toán UBND tỉnh chưa ban hành quyết định xử lý (tỉnh Hưng Yên); có trường hợp tổ chức thực hiện đấu giá đất khi chưa hoàn thành giải phóng mặt bằng (UBND thành phố Thanh Hóa).
Một số trường hợp đã được cấp giấy phép khai thác khoáng sản nhưng chưa lập thủ tục thuê đất như ở tỉnh Bình Phước với 31 tổ chức, cá nhân; Ninh Bình 15 mỏ; hay chưa khai thác theo đơn xin cấp phép như ở tỉnh Bình Thuận (23 dự án đã được cấp phép nhưng đến nay chưa khai thác theo đơn xin cấp phép, trong đó có một số mỏ đã được cấp phép từ 5 - 10 năm).
Cơ quan kiểm toán cũng chỉ ra tình trạng Sở Tài nguyên và Môi trường tham mưu UBND tỉnh khoanh định một số khu vực vào danh mục không đấu giá quyền khai thác khoáng sản đối với các giấy phép thăm dò khoáng sản sau ngày 1/7/2011 không đúng quy định (tỉnh Bình Phước: 6 khu vực được cấp phép thăm dò khoáng sản).
Đáng chú ý, một số doanh nghiệp kê khai xác định giá giao dịch liên kết theo phương pháp lợi nhuận chưa phù hợp, không lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết (tỉnh Bình Dương).
Theo Kiểm toán Nhà nước, còn có trường hợp hạch toán vào chi phí hợp lý để xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp một số khoản không hợp lý, không có căn cứ, làm giảm lớn số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước như tại tỉnh Bình Thuận.
Theo đó, Công ty TNHH Khu đô thị Du lịch biển Phan Thiết ký hợp đồng với 2 công ty môi giới bất động sản tại TPHCM với tỷ lệ 19,5%/giá trị bất động sản môi giới thành công, trong khi mức phí môi giới bất động sản phổ biến hiện nay trên thị trường là 1 - 2% giá trị bất động sản… Việc công ty ký các hợp đồng môi giới với mức chi phí cao bất thường (gấp khoảng 10 lần so với mức chi phí môi giới phổ biến trên địa bàn tỉnh Bình Thuận) đã làm tăng chi phí hợp lý và làm giảm thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp rất lớn.