Theo quyết định, Thủ tướng Chính phủ Phạm Minh Chính làm Trưởng Ban Chỉ đạo; Bí thư Thành ủy TPHCM Nguyễn Văn Nên làm Phó Trưởng Ban Thường trực; Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Chí Dũng làm Phó Trưởng Ban.
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ giúp Thủ tướng Chính phủ đôn đốc các Bộ, ngành, cơ quan có liên quan tổ chức thực hiện Nghị quyết số 98/2023/QH15 về thí điểm một số cơ chế, chính sách đặc thù phát triển TPHCM (sau đây gọi là Nghị quyết).
Đồng thời, nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành về triển khai Nghị quyết.
Bên cạnh đó, giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều hòa, phối hợp với các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ trong việc giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành về triển khai Nghị quyết.
Thủ tướng quyết định thành lập Ban Chỉ đạo triển khai Nghị quyết số 98/2023/QH15 của Quốc hội về thí điểm một số cơ chế, chính sách đặc thù phát triển TPHCM
Ngoài ra, Ban Chỉ đạo chỉ đạo các Bộ, ngành, cơ quan có liên quan thực hiện các công việc sau đây: tổ chức thực hiện quy chế phối hợp và kế hoạch triển khai thực hiện Nghị quyết theo chức năng, nhiệm vụ được giao; phối hợp chặt chẽ, có hiệu quả trong tham mưu, đề xuất các giải pháp thực hiện Nghị quyết; kịp thời báo cáo những khó khăn, vướng mắc vượt thẩm quyền và đề xuất các giải pháp trình cấp có thẩm quyền xem xét, quyết định các bất cập phát sinh trong thực tiễn.
Đồng thời, chỉ đạo, đôn đốc các Bộ, ngành, cơ quan có liên quan thực hiện các nhiệm vụ được giao tại kế hoạch triển khai và các nhiệm vụ khác có liên quan tại Nghị quyết; được mời các tổ chức, chuyên gia, nhà khoa học để tư vấn trong quá trình chỉ đạo thực hiện Nghị quyết; thực hiện những nhiệm vụ cụ thể khác do Thủ tướng Chính phủ giao liên quan đến triển khai thực hiện Nghị quyết.
Về chức năng của Ban Chỉ đạo: tổ chức phối hợp liên ngành giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, chỉ đạo, phối hợp giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành liên quan đến triển khai thực hiện Nghị quyết 98/2023/QH15.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo, giúp Trưởng ban trong việc xây dựng kế hoạch, chương trình công tác của Ban Chỉ đạo; xây dựng quy chế hoạt động của Ban Chỉ đạo trình Trưởng ban ký ban hành.